Aromaten in Phospholipid-Doppelschichten German by Barbara Hoff

By Barbara Hoff

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Die COO-Gruppe selbst wurde mit einer Konstanten von 167,36kJ/mol/rad² (Gromacs-Kraftfeldparameter für CB-OA) in die Planarität gezwungen. Da TFB einen pKs-Wert von 3,38 besitzt (Adams, 1992), liegt dieses in Wasser wahrscheinlich deprotoniert vor. Daher wurde eine zweite Kraftfeld-Datei TFB_m erstellt, in der die Säuregruppe als COO- vorlag. 4 Auswertung Als Ergebnis der Simulationen erhält verschiedene Ausgabe-Files, welche aufgrund der Datenmenge nicht im ASCII-Code zugänglich sind. Diese werden mit im Software-Packet GROMACS implementierten Programmen ausgewertet.

Die Existenz von Rotationsbarrieren muss bei der Berechnung des Torsionspotentials berücksichtigt werden. Durch die Reihenentwicklung einer Kosinusfunktion können die Maxima und Minima dieser Rotation beschrieben werden. 5) n =0 Cn ist die Torsionskonstante, ω ist der Torsionswinkel, n die Anzahl der Minima. 21 Molecular Modelling Unechte Torsion (Improper Dihedrals) Bei Mehrfachbindungen oder in aromatischen Systemen tritt diese Bewegung nur eingeschränkt oder gar nicht auf und muss deshalb in den Simulationen unterbunden werden.

14) Molecular Modelling Es müssen normalerweise drei Parameter optimiert werden, damit man in einem vernünftigen Zeitrahmen mit Ewald-Summen rechnen kann. Da man nicht unendlich viele Zellen in Betracht ziehen kann, sind dies zum einen die Cut-Off-Radien der direkten und der reziproken Summe, welche angeben, wie viele Zellen in die Berechnung eingehen. Zum anderen ist es der Parameter β, der die Gewichtung zwischen direkter und reziproker Summe bestimmt. Je größer β, desto schneller konvergiert der Realteil bzw.

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